Naruto regresa a Konoha junto con Jiraiya, y éste se reencuentra con sus viejos amigos ahora shinobis más poderosos. Mientras tanto, los Akatsuki empiezan a juntar a todos los Bijū, empezando por el Shukaku dentro de Gaara.
Tras avanzar la historia, Naruto y sus amigos deberán enfrentarse a los miembros de la organización y derrotarlos, entre ellos Hidan y Kakuzu, los cuales aparentemente eran inmortales. En esa batalla muere Asuma, pero logran vencer al poderoso dúo.
Por otra parte, Sasuke, quien está con Orochimaru, cuyo cuerpo está al límite, decide tomar el cuerpo de Sasuke, pero el Uchiha decide matarlo. Después de ello libera a tres integrantes prisioneros: Suigetsu, Jūgo y Karin, formando entonces Hebi. Sasuke decide buscar a Itachi y matarlo.
Kisame e Itachi logran capturar al biju de cuatro colas y son informados de la muerte de Orochimaru. Ante esto, Deidara y Tobi salen en la búsqueda de Itachi o Sasuke. Pero también Kakashi y Kurenai forman sus equipos de búsqueda; Deidara y Tobi se encuentran con Sasuke quien decide pelear ante Sasuke. Tras una larga batalla, Deidara, como último recurso, se autodestruye con su arte final. Pero Sasuke sobrevive.
Ante esto, Kakashi y los otros se apresuran. Tobi revela ante Pain y Konan que él es Madara Uchiha, mientras que Jiraiya decide ir a Amegakure y buscar a Pain. Éste recuerda cómo conoció a los tres huérfanos de la lluvia: Nagato, Yahiko y Konan, donde Jiraiya decide quedarse un tiempo y entrenarlos.
De vuelta en el presente, y tras infiltrarse en la aldea, descubre que Hanzö ha sido asesinado. Konan lo descubre e inicia la batalla, donde más tarde Pain aparece. El Sannin descubre que este posee el Rinnegan, por lo que activa el Modo Ermitaño. Se inicia entonces la verdadera batalla, donde se reúnen los seis caminos del dolor. Jiraiya, al no tener oportunidad, es asesinado y su cuerpo se hunde en el fondo del mar pensando en como se llamaría su libro.
En otro lugar, la búsqueda de Sasuke continúa. Naruto se encuentra con Tobi y el resto del equipo decide pelear. Sasuke por fin encuentra a Itachi donde se decidirá la batalla final entre los Uchiha. Tras un inicio con solo Genjutsu, Itachi activa el Mangekyō Sharingan y le quita el ojo derecho a su hermano, pero Sasuke rompe el Tsukuyomi. Entonces deciden usar el estilo de fuego clásico de los Uchiha. Itachi decide usar el Amaterasu sabiendo los riesgos que conlleva, pero Sasuke usa una sustitución y se prepara para el contraataque al usar el Kirin, con el cual domino al mismo rayo. Lanzando la poderosa técnica crea una poderosa explosión. Sasuke piensa que la victoria es de él, pero Itachi se levanta y utiliza el Susano, una poderosa armadura que incluye la Espada Totsuka y un poderoso escudo. Sasuke al no tener más Chakra, su sello maldito se desata, liberando a ocho gigantes serpientes blancas. Estas hacen frente al Susano pero son decapitadas una a una, hasta que de la boca de una sale el mismo Orochimaru el cual es atravesado y sellado por Totsuka.
Sasuke, sin nada que hacer, acepta la derrota de antemano, pero Itachi, enfermo mucho antes de la batalla, agoniza en sus últimas instancias. Itachi muere al tocarle la frente a Sasuke. Poco después Tobi aparece y se lleva a Sasuke, donde le cuanta la verdad del Clan Uchiha liderado por él mismo y el Clan Senju liderado por Hashirama.
Después de que Sasuke se recupera, Sasuke le ofrece unirse a Akatsuki y también al resto de su equipo ahora Taka; pero para probar si son leales a la organización deberán capturar al Jinchuriki del ocho colas, que vive en la Kumogakure, llamado Killer Bee. Cuando lo encuentran, Jūgo y Suigetsu tratan de acabar con él sin éxito. Ahora es turno del Uchiha, el cual le quita la espada de Zabuza. Al ver esto, Killer Bee usa todo su poder ante Sasuke, el cual resulta herido pero es curado por Karin. El Jinchuriki decide usar el poder de su Biju y transfórmase en el mismo Hachibi. Así, éste casi acaba con el grupo Taka. Sasuke, como último remedio, usa el Amaterasu con el que quema a la bestia y así la vence.
Poco después a su regresa a la aldea Naruto y se entera de que Jiraiya ha muerto, por lo que decide ir a entrenar con los sapos y aprender a usar el Senjutsu. Mientras tanto, los de Akatsuki descubren que lo que han sellado es un clon del Hachibi. Pain decide ir a Konoha a buscar al Kyūbi junto con los otros cinco caminos y Konan. Todos los shinobis se preparan para pelear contra Pain pero no pueden vencerlo. Al no encontrar a Naruto, Pain decide destruir a Konoha, pero llega Kakashi y se prepara para pelear pero este no tiene posibilidades de ganar, Choji y Choza llegan para ayudarlo quienes no pueden ganarle. Kakashi muere, protegiendo a Choji. Konoha sigue siendo destruida de a poco, hasta que Pain decide usar el Shinra Tensei dejando un cráter en medio de la aldea.
Pero entonces llega Naruto sobre los tres sapos, los seis caminos se reúnen, Tsunade llega y se muestra como la quinta Hokage. Pero, sin fuerzas, deja todo en manos de Naruto, el cual uno a uno va venciendo a los caminos gracias al Senjutsu y al Futon: Rasen Shuriken. Pero cuando solo queda el Camino Deva, Hinata llega pero es derrotada y le confiesa sus sentimientos a Naruto. Naruto ante la ira desata el poder del Kyūbi liberando seis colas, Yamato decide ir a la batalla. Pain usa el Chibaku Tensei, una técnica muy poderosa, pero el alboroto del Kyūbi es incontrolable y se libera, pues muestra ya ocho colas. En su subconsciente, Naruto, influido por el Kyūbi, decide abrir el sello. Pero entonces el Cuarto Hokage se aparece e inicia una charla sobre su pasado: el ataque a Konoha hace 16 años, y el hombre enmascarado quien es el que manipula a Nagato; también sobre el propósito de Jiraiya.
Minato logra hacer nuevamente el sello. Naruto, en modo ermitaño, logra vencer a Pain y localizar a Nagato. Cuando lo encuentra, nota que éste esta en un muy mal estado. Nagato le cuenta su historia y de como perdió a su amigo Yahiko y su familia; ante esto, Naruto le alega que el cambiará el mundo y borrara el odio y el dolor. Nagato atónito ante la respuesta de Naruto, usa ya sin fuerzas el Gedō: Rinne Tensei no Jutsu con el cual revive a todos los ninjas caídos durante la invasión. En sus últimas palabras, Nagato le confía en que él podrá cambiar al mundo ninja.
Naruto es recibido como un héroe en Konoha. Poco después unos ninja de la nube llegan a Konoha entregando un mensaje por parte del raikage en el que invita a todos los kages a una cumbre, Tsunade esta en coma por lo que Danzō se proclama como el Sexto Hokage, Naruto informado de la reunión decide ir también pero Sasuke se entera por medio de Madara que la aldea ha sido destruida y localiza donde será la reunión y buscar a Danzō. Ya en la cumbre Naruto le pide al Raikage que no mate a Sasuke y se tratan otros temas sobre Akatsuki. Entonces aparece Zetsu, pero no es el único, pues Sasuke llega también a la reunión por lo que el Raikage sale en su búsqueda junto con otros ninjas. Taka se prepara para pelear en cuanto el Raikage llega Jugo libera su poder pero el kage lo vence y se dirige contra el Uchiha el cual usa el Amaterasu pero la velocidad del Raikage es demasiada, mientras que Madara le cuenta la verdad a Naruto sobre el odio de Sasuke y el Clan Uchiha, el Raikage usa todo su poder pero Gaara aparece mientras que Sasuke libera su Susano el cual los distrae y se dirige hacia Danzō pero cuando llega la Mizukage decide pelear con él, Sasuke adolorido por el Susanoo recibe ayuda de Zetsu quien le da chakra, el Tsuchikage usa su Jinton para desintegrarlo pero Madara llega a la reunión y le habla a los kages sobre su propósito el Plan Ojo de Luna y declarar la cuarta guerra mundial shinobi.
En otro lugar, Killer Bee se encuentra con Kisame el cual está decidido a capturarlo, tras una larga lucha y sin mucho chakra el Jinchuriki con ayuda de su hermano logran decapitar a Kisame, Sasuke ya recuperado encuentra a Danzō y se prepara para pelear, Danzō revela que su brazo derecho posee 10 sharingan y tras una batalla el Susano de Sasuke no logra vencerlo pero Karin analiza la técnica de Danzō: Izanagi. Sasuke logra vencerlo tras una astuta batalla con Genjutsu. Los kages acuerdan proteger a Naruto y Killer Bee y prepararse para inminente guerra. Kabuto se encuentra con Madara y le propone unirse con el pero este se niega así que con el Edo Tensei le muestra a los caídos de Akatsuki: Nagato, Deidara, Sasori, Kakuzu, Itachi y un sexto féretro sin revelar, así Madara acepta el trato mientras que Naruto recibe el pergamino para poder liberar al Kyūbi y de una vez y vencerlo por lo que viaja la Isla Tortuga junto con Yamato a encontrarse con Killer Bee. Allí Naruto vence su lado oscuro y la maldad de su corazón, al entrar e a una cámara Naruto libera al Kyūbi en su subconsciente y con ayuda de Killer Bee intentan vencerlo pero el demonio es muy poderoso. Naruto recibe ayuda de alguien a quien no esperaba: su madre, Kushina Uzumaki, y gracias a su chakra logra arrebatarte el chakra al Kyūbi. Una vez vencido el Kyūbi, su madre le cuenta la verdad de su nacimiento, y de como el hombre enmascarado invoco al Kyūbi, casi destruyéndo Konoha, hace 16 años. Ya sabiendo la verdad, Naruto sale de la cámara, pero entonces, Kisame se revela nuevamente. Esta vez Guy se enfrenta con él y con ayuda de las ocho puertas logra derrotarlo, pero Kisame envía la información a Tobi el cual parte a Amegakure en busca del Rinnegan de Nagato pero Konan lo espera y libran una batalla donde Konan libera todo su poder, pero Tobi la vence al final y recupera el cuerpo de Nagato.
Así, Tobi está listo para la guerra, mientras que en la Aldea de las Nubes, la alianza esta lista con un total de 80.000 shinobis subdivididos en cinco grandes grupos. En la guarida de Akatsuki Kabuto invoca a todos sus shinobis revividos los cuales están también listos para la lucha, pero además tienen al ejército de Zetsus blancos fortalecidos por el ADN de Yamato. Se inicia entonces la gran guerra en donde, Sasori y Deidara son rápidamente derrotados y sellados. En la costa, Los hermanos Ginkaku y Kinkaku usan las armas del Rikudō Sennin pero Darui les hace frente y, con ayuda del trío Ino-ShiKa-Cho, logra sellarlos. En ese instante, Naruto siente el chakra de los hermanos Kin-Gin y, tras convencer a Iruka-sensei, parte con Killer Bee hacia la guerra, luchando juntos para salir de la isla. Ya atardeciendo, el supuesto Madara hace su aparición robando dos de los tres tesoros: el Benihisago y el Kohaku no Jōhei en donde están sellados los hermanos Kin-Gin.
Poco después, Naruto y Killer Bee son interceptados por el Raikage y Tsunade. Naruto convence al Raikage de que lo deje seguir adelante y, tras una lucha, el Raikage logra comprender que Naruto es el salvador. Mientras tanto, en los centros médicos de la alianza, los Zetsus blancos logran infiltrarse matando a los médicos shinobis. Al otro día, Naruto y Killer Bee vencen a varios Zetsus blancos y, con ayuda del Kage bunshin no jutsu, los clones de Naruto llegan a todas partes. Mientras tanto, el supuesto Madara se moviliza con los seis Jinchurikis resucitados y convertidos en los nuevos Seis Caminos del Dolor. En otra parte, Nagato e Itachi se topan con Naruto y Killer Bee. Naruto se enfrenta a Nagato y Killer Bee a Itachi. El Uchiha invoca un cuervo para liberarse del Edo tensei e ir en busca de Kabuto para ponerle fin a tan macabra técnica. Tras una larga lucha y con ayuda de Itachi, Naruto y Killer Bee logran sellar a Nagato. Poco después, en el desierto, el Kazekage y el Tsuchikage se enfrentan a los kages resucitados, muriéndo muchos shinobis en el proceso. El primero en ser sellado es el Cuarto Kazekage, padre de Gaara, siendo sellado por su propio hijo. El segundo en ser sellado es el Tercer Raikage, el cual es sellado por Naruto. Más tarde, Gaara y los clones de Naruto logran sellar al Segundo Mizukage. Finalmente, Ōnoki y Naruto logran "sellar" al Segundo Tsuchikage. Mientras tanto, los clones de Naruto empiezan a llegar a todos los campos de batalla, derrotando a los Zetzus blancos y sellando a los revividos. Entonces, Mū invoca al misterioso féretro, que Kabuto considera su carta de triunfo, tratándose nada menos que del verdadero Madara Uchiha, frente a la cuarta división donde se encuentran Gaara y Ōnoki. Los presentes, perplejos, se preguntan entonces sobre el sujeto que se oculta tras la máscara y que se acerca con lo jinchūrikis. Sin más que decir, Madara se lanza contra la división, cometiendo una matanza contra los shinobis. Luego de algunos contraataques, Madara desciende un meteorito del cielo contra la Cuarta División. Ōnoki y Gaara cooperan y logran detenerlo, pero el Uchiha hace descender un segundo, provocando un temblor de cielo y tierra. Al ver la magnitud de su poder, los demás kages deciden ir a la batalla. El Raikage y Tsunade logran llegar a tiempo gracias al jutsu de Mabui. Una vez reunidos todos los kages, le hablan a Naruto a través de uno de sus clones, dándole a entender que ellos se encargarán de Madara y que es él quien debe derrotar a Tobi. Así Naruto, lleno de valor, se encuentra con el hombre de la máscara y los otros jinchūrikis en un bosque donde deberá vencerlos junto con Killer Bee y así descubrir quién se esconde tras la máscara. Luego de mucho batallar, Naruto logra destruir la máscara de Tobi y se descubre que él en realidad es Obito Uchiha, de quien se creía había muerto heroicamente en la anterior guerra, pero que en realidad, había sido rescatado por Madara y se había convertido en su sucesor con el plan de someter al mundo bajo el Tsukuyomi Infinito. Por otro lado, los cinco kages lucharon contra el verdadero Madara, pero no pudieron vencerlo y casi mueren a manos del Uchiha. Mientras tanto, Sasuke escapa del escondite de Akatsuki asesinando al Zetsu blanco original. Por el camino, el joven Uchiha se cruza con su hermano revivido por el Edo Tensei, quien marcha al escondite de Kabuto para detener la terrible técnica. Luego de una corta discusión, Itachi deja a su hermanito atrás y llega a la guarida de Kabuto. Después de alcanzar a su hermano mayor, Sasuke e Itachi unen sus fuerzas para poner fin al Edo Tensei. Una vez derrotado, Kabuto libera la técnica y todos los revividos desaparecen. Desafortunadamente, Madara conocía los sellos del Edo Tensei y logra neutralizar la liberación de la técnica y permanecer revivido. Luego de casi matar a los cinco kages, Madara se une a Obito en su lucha por capturar al Hachibi y al Kyūbi. Kakashi intenta comprender por qué su antiguo compañero está haciendo todo eso e intenta convencer a Obito de que abandone sus siniestros planes, pero es inútil, pues el Uchiha se niega a escuchar. En eso, van llegando todas las divisiones del Ejército Shinobi y Obito comienza a revivir al Juubi. Después de muchos ataques y contraataques, Neji sacrifica su vida voluntariamente para proteger a su prima Hinata y a Naruto, provocando gran pesar entre los ninjas de Konoha, especialmente sus amigos.
Mientras tanto, Sasuke intenta comprender las últimas palabras de su hermano mayor y, cuando Juugo y Suigetsu lo encuentran trayéndole una técnica prohibida, Sasuke decide revivir a Orochimaru para que le ayude a decidir lo que debe hacer. Una vez en Konoha, Orochimaru revive a los cuatro Hokages para que aclaren las dudas de Sasuke. Ya con sus dudas aclaradas por Hashirama, Sasuke parte con Taka, Orochimaru y los Hokages revividos al campo de batalla para salvar al Mundo Shinobi. Al llegar al campo de batalla, Sasuke sorprende a todos sus antiguos compañeros diciendo que él va a ser el próximo Hokage. Una vez superado el desconcierto inicial, Naruto, Sasuke y Sakura se unen nuevamente para formar el Equipo 7 y se convierten en los nuevos Sannin. Mientras tanto, en la dimensión paralela de Obito, Kakashi logra derrotar y casi matar a su antiguo compañero, pero éste logra escapar y volver al mundo real, en donde Madara intenta utilizarlo para que lo reviva, pero falla por la resistencia de Obito y la intervención de Minato, quien queda desconcertado al enterarse que el hombre de la máscara es su antiguo alumno. A pesar de estar moribundo, Obito absorbe al Juubi y logra así transformarse en su Jinchuuriki, convirtiéndose en un ser casi invencible. En eso, Orochimaru y sus antiguos subordinados llegan a donde se encuentran los moribundos cinco kages. Después de reanimar a Tsunade y hablar sobre el pasado, Orochimaru se marcha, dejando a Tsunade a cargo de la recuperación de los otros kages. Madara y Obito hacen nacer al Shinju, un árbol-flor divino que será el responsable de activar el Tsukuyomi Infinito dentro de poco. Ya para ese entonces, los pocos ninjas sobrevivientes no se atrevían a seguir luchando, pero el Primer Hokage le sermonea sobre cómo deben seguir luchando a pesar de todo y comparte con ellos sus recuerdos de la Primera Cumbre de los Cinco Kages, mientras que Naruto también comparte con todos los recuerdos y emociones de su miserable vida y de cómo siguió luchando a pesar de todo porque ese es su Camino Ninja. En ese instante, llegan los cinco kages y todos se preparan para talar el Shinju.
Emisiones por televisión
Su emisión se inició el 15 de febrero de 2007, y desde entonces, fueron emitidos cada jueves en Japón finalizando el 23 de marzo de 2017 con el episodio 500, lo que suma un total de 720 episodios en toda la serie. En agosto de 2007 la serie se lanza DVD, albergando cuatro o cinco episodios por disco que salen uno al mes. Actualmente se han lanzado 118 DVDs, quedando otros, de momento, sin temporada oficial.
En España esta serie se estrenó sin censura por el canal de pago Animax España el 16 de febrero de 2010 y el 25 de febrero de 2010 en abierto por FDF Telecinco, este último canal censura los mini-rincones, endings y avances para el próximo capítulo. Este canal superó a Animax en la emisión de episodios ya que estrena 5 episodios por semana y Animax solo 2 por semana.
En América Latina, la empresa Rose Entertainment1 fue la que compró los derechos para su distribución de la versión sin censura. El 2 de enero de 2015 se comenzaron a publicar episodios en Claro en línea con doblaje al español2 y en Netflix desde el 2 de febrero de 2015
No se sabe mucho sobre los inicios de Kirigakure, sólo se sabe que tuvo un conflicto con Iwagakure causado por el incidente del paso de Yosuga. A pesar de esto recibieron muchos elogios por tener una gran fuerza militar, además de que se dice que Akatsuki fue creado en esta misma aldea siendo esta hipótesis la que creó una gran desconfianza entre las aldeas hacia ella.
Sunagakure fue fundada por el Primer Kazekage, Reto, en donde reunió a los shinobis que habitaban en el desierto y los puso bajo su control con su abrumador poder. En algún momento el pueblo entró en posesión del Una Cola, y a lo largo de los años la bestia fue sellada en tres diferentes personas, de modo que sus capacidades pudieron ser estudiadas. El Tercer Kazekage fue capaz de crear la Arena de Hierro imitando la capacidad de Shukaku de controlar la arena, gracias a esto fue reconocido como el Kazekage más fuerte e incluso su arma fue reconocida por Chiyo, una de las Jonin más fuerte de la aldea, como el arma más temida en la historia de Suna.[1]
Durante el reinado del Cuarto Raikage, unos 30 años antes de la Cuarta Gran Guerra Mundial Shinobi, el pueblo fue atacado en repetidas ocasiones por los arranques de ira del Buey de Ocho Colas, debido a que sus Jinchūrikis no eran capaces de controlar su poder. El Tercer Raikage dirigió equipos especiales para combatir y volver a sellar al Ocho Colas en una olla especial de sellado. Muchos de los ninjas que participaron perdieron la vida. Como no podían seguir perdiendo tantos ninjas valiosos, el pueblo se vio obligado a buscar a un Jinchūriki más adecuado. Con el tiempo el pueblo seleccionó a Killer Bee como anfitrión de la bestia, y los ataques del Ocho Colas finalmente acabaron.
Los Uchihas son descendientes de Indra Ōtsutsuki, el hijo mayor del Sabio de los Seis Caminos, quien tenía la idea de que el "poder" era la única forma de conseguir la paz que su padre deseaba. Sin embargo, el Sabio eligió a su hijo menor, Asura Ōtsutsuki, como el que heredaría su legado ya que creía que el "amor" era la forma de conseguir la paz, pero esta decisión fue tomada mal por su hermano mayor ya que se enfrentó a su propio hermano para recuperar lo que consideraba suyo, formándose desde ese momento lo que se conoce como la Maldición del Odio. Los descendientes del hijo menor serían los Senju, causando que se formara una rivalidad entre los Uchiha y los Senjus.
Antes de la fundación de las aldeas ocultas cuando era la época de la guerra, los Uchihas llegaron a tener una gran fama debido a que tenían un poderoso chakra y un Kekkei Genkai llamado Sharingan. Dentro de este clan nació un poderoso ninja llamado Madara Uchiha, quien logró dominar el Dojutsu de su clan además de poder llevarlo a un nuevo nivel conocido como el Mangekyo Sharingan. Él, junto con su hermano Izuna, tomaron el control total del clan. Pero a pesar de que fue considerado como un poderoso clan había otro clan que se comparaba con ellos, llamado el Clan Senju, cuando un país contrataba a los Senju el rival contrario contrataba a los Uchiha puesto que probablemente era el único clan que podía competirles haciendo que se enfrentaran varias veces.
Los Senjus son descendientes de Asura Ōtsutsuki, el hijo menor de Hagoromo Ōtsutsuki, el Sabio de los Seis Caminos. Dicho antepasado, fue escogido como la persona que heredaría el sueño de su padre, ya que éste, pensaba que el "amor" era la clave para conseguir la paz. Esto causó que su hermano mayor, el cual creía que el "poder" era la forma de conseguir dicha meta, se enojara con él e intentara recuperar lo que consideraba suyo, enfrentándose a su propio familiar. Desde ese momento, se formó lo que se llama como "La Cadena del Odio". Los descendientes del hermano mayor serían los Uchihas, causando que se formara una rivalidad entre los Uchihas y los Senjus.
Son descendientes de Asura Ōtsutsuki, siendo a la vez parientes lejanos del Clan Senju. Ambos clanes estaban en buenos términos, incluso se llevaron casamientos entre miembros de ambos clanes, como Hashirama Senju y Mito Uzumaki.
